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哈尔滨医科大学由我国医学先驱伍连德博士于1926年创建的哈尔滨医学专门学校和兴山中国医科大学第一、二分校组建而成。学校历经94年的发展建设，传承伍连德博士“赤诚爱国、自强创业”的精神，发扬中国工农红军卫生学校“政治坚定、技术优良”的光荣传统，秉承“木直中绳、博学载医”的校训，综合实力不断增强，具有相当的发展规模和鲜明的办学特色。学校是部委省共建大学、黑龙江省高水平大学和优势特色学科建设高校、中俄医科大学联盟中方牵头单位、国家理科基础科学研究与教学人才培养基地、教育部首批试办七年制高等医学教育院校。
学校设18个二级院部和8个事业单位，直属4所附属医院，非直属5所附属医院。现有教职工17100人。有中国工程院院士2人，获南丁格尔奖1人，国务院学科评议组成员3人，教育部高等学校教学指导委员会委员18人，全国医学专业学位研究生教育指导委员会委员3人，国家级教学名师4人，国家杰出青年科学基金获得者2人，国家优秀青年科学基金获得者1人，入选“长江学者”14人，享受国务院政府特殊津贴90人。
学校拥有博士学位一级学科授权点9个，二级学科授权点62个；硕士学位一级学科授权点11个，二级学科授权点64个；博士后科研流动站5个。有本科专业29个（校本部18个，大庆校区11个）。在校普通教育本科生13815人（校本部8048人，大庆校区5767人），研究生6916人，留学生377人。
学校拥有国家重点学科2个、国家重点培育学科1个，国家临床重点专科建设项目33个，省级重点学科（群）21个，省级领军人才梯队31个。在第四轮学科评估中，1个学科进入Ａ类（A-）、8个学科进入Ｂ类（2个B+、3个B、3个B-）。有国家级一流本科专业7个，省级一流本科专业7个。有国际合作联合实验室2个，省部共建国家重点实验室培育基地1个，教育部重点实验室4个，卫健委重点实验室3个，省级重点实验室18个，省普通高校重点实验室11个。黑龙江省“头雁”团队6个。与地方政府和企业共建院士工作站2个。建立了北方医学转化研究合作中心。
学校有国家级临床教学培训示范中心1个，国家级实验教学示范中心4个，国家级虚拟仿真实验教学中心1个。“十二五”以来，主编教育部、卫健委规划教材及再版规划教材76部。获批教育部卓越医生教育培养计划改革试点项目3项。获国家视频公开课程4门、国家资源共享课程12门、国家级一流本科课程10门。获中国“互联网+”大学生创新创业大赛铜奖7项。共获国家级教学成果奖16项，省级教学成果奖145项。“十二五”以来，立项教育科研课题806项，发表国家级教育教学论文1143篇，其中SCI收录7篇。
“十二五”以来，学校获得各类科研项目10186项，主持国家重点基础研究发展计划（“973”计划）1项、国家高技术发展计划（“863”计划）1项、国家科技重大专项1项、国家重点研发计划专项3项，国家自然科学基金1532项。获各种奖励1044项，其中，国家科学技术进步奖二等奖2项、高等学校科学研究优秀成果奖（科学研究）一等奖5项、中华医学科技奖一等奖2项、中国专利奖优秀奖1项。获国家自然科学基金委员会创新研究群体项目1项、教育部科技创新团队2个。发表科学研究论文24721篇，其中SCI收录9981篇。编写出版著作730部。拥有有效专利572件，发明专利239件。